方舟博客

Blogs 上述在本地文件夹blogs下打开git bash，后进行相关处理，部署是在github上 Video：Hexo部署使用 Website：博客资料 1.常见的hexo使用命令123456789101112131415161718192021##生成npx hexo g##上传npx hexo d##预览npx hexo serve##新建文章npx hexo n ‘myblog’#使用VPN时，调整Git代理设置git config --global http.proxygit config --global https.proxy#未使用VPN时，取消Git代理设置git config --global --unset http.proxygit config --global --unset https.proxy

MRZhouThis R package is designed for the convenience of medical professionals, aiming to further simplify the analysis methods of Mendelian randomization (MR). It is integrated based on the TwosampleMR, MRpresso, and coloc packages. Therefore, whether it is the online data of the IEU GWAS database or local GWAS data (such as FinnGen database), this package can be conveniently executed. This package also includes: GSMR analysis, SMR analysis methods, etc. TWAS/Fusion analysis function method ...

SMR 教程官方文档：SMR | Yang Lab (westlake.edu.cn) 1.数据获取1.1eqtl数据qtl数据获取主要从GTEx数据库，可以得到各种组织的数据。GTEx数据库的速度很慢建议从SMR官网的数据库下载（华人做的）SMR | Yang Lab (westlake.edu.cn)里面有各种qtl的数据集，下得很快！ eqtl还有血液的数据，样本量很大eQTLGen - cis-eQTLs 直接下载besd二进制格式即可，后期数据可以用smr软件自提 1.2GWAS数据GWAS数据获取的方法很多可以直接去IEU OpenGWAS project (mrcieu.ac.uk)下载，也可以通过R包TwoSampleMR直接从网站上拽。available_outcomes()函数可以看到openGWAS里面所有的gwas数据 当然还有很多别的获取手段。也可以从finngen的GWAS获取 1.3参考基因组用R包下载Download 1000G — download_1000G • bigsnpr (privefl.github.io) 也可以直接链接：http://f ...

连锁不平衡分数回归 LD score regression -LDSCLDSC原理为什么要做 LD score regression 在GWAS研究中，多基因性（polygenicity，即若干较小的基因效应）和干扰因素引起的偏差（如隐性关联 cryptic relatedness，群体分层population stratification等）都会造成检验的统计量的分布偏高（inflated）。但我们并不能分辨偏高的统计量到底是来自多基因性还是干扰因素，所以通过LD score regression，我们可以通过研究检验统计量与连锁不平衡（linkage disequilibrium）之间的关系来定量分析每部分的影响。 LDscore的原理？ GWAS检验中，对一个SNP效应量的估计通常也会包含与该SNP成LD的其他SNP的效应，也就是说一个与其他SNP成高LD的SNP，通常也会有更高的卡方检验量。 接下来简单介绍如何进行LDscore regression。使用的软件为ldsc，可以从作者的github中拉取。ldsc为python脚本，clone了ldsc的库之后我们还需要利用an ...